A primeira capela da comunidade do Cinco da Boa Vista Alto era em madeira e teria sido construída antes de 1897, pois registros oficiais apontam que nessa data foi benta uma imagem de Nossa Senhora destinada ao templo.
A segunda capela foi construída com pedras basálticas, muito bem talhadas, e data de 1912, tendo sido benta em 29 de julho daquele ano. Durante muitos anos a estrutura de pedra ficou escondida pelo reboco e pintura, sendo que alguns historiadores acreditavam que a capela fosse de alvenaria, pela perfeição no talhe. Em 21 de novembro de 1949 houve a bênção da torre, edificada naquele ano. Antes o sino ficava em um campanário de madeira, ao lado da capela. O templo passou por uma reforma também em 1962.
A Capela São João da Cruz foi restaurada entre os anos 2007 e 2008. Neste processo foi retirado o reboco das paredes, revelando toda sua beleza e originalidade.
